环境生物信息学方法#
Methodologies of Environmental Bioinformatics · 面向研究生的研究型方法课程
Environmental Bioinformatics · 2026
从环境问题到可复现证据
课程以真实环境微生物组研究为主线，连接序列数据库、同源性搜索、宏基因组组装、分箱、基因组质量控制、系统发育、功能注释、宏转录组与群落生态分析。你将学习的不只是“如何运行工具”，而是如何判断一条分析证据链是否可靠。
PKU EMBL · Yu’s Lab
Environmental Microbiology & Bioinformatics
课程概览
授课教师： 余珂 / Ke Yu
修读对象： 硕士、博士研究生
教学方式： 讲授、案例拆解、方法讨论
主线材料： 10 讲课程课件
考核方式： 课程汇报一项
从生物学基础逐步进入宏基因组、宏转录组与群落生态。
问题定义 → 数据 → 方法 → 质量控制 → 解释与边界。
以可复现、可答辩的课程汇报整合学习成果。
课程导航#
理解课程定位、能力目标、先修要求、知识主线与评价标准。
按课件定位每讲的核心问题、方法概念、课前准备与讲义入口。
从选题、证据设计、图表叙事到评分标准，完成最终学术汇报。
围绕 BLAST、宏基因组流程、MAG 质量与生态解释进行低风险训练。
明确可复现性、学术诚信、AI 工具披露与课堂表达的最低要求。
集中查找课程课件、数据资源、常用工具与可复现工作流组件。
学习路径#
阶段 |
核心问题 |
对应内容 |
阶段产出 |
|---|---|---|---|
建立语言 |
生物学问题如何转化为序列与数据库问题？ |
L1–L3 |
能解释数据库选择、比对指标和同源性证据 |
构建对象 |
如何从环境测序数据恢复 contig 与 MAG？ |
L4–L8 |
能画出组装—分箱—质量评估的完整决策链 |
连接功能 |
丰度、注释与表达证据分别说明什么？ |
L9 |
能区分“存在”“潜能”“活性”三类结论 |
回到生态 |
如何把组学结果放回群落构建与生态过程？ |
L10 |
能给出克制、可验证的生态解释 |
形成论证 |
如何把复杂流程压缩成可答辩的证据故事？ |
课程汇报 |
一场结构清楚、方法透明、边界明确的汇报 |
核心方法论#
环境生物信息学的价值，不在于运行更多软件，而在于把环境生物学问题转化为一条可检验、可追溯、可解释的计算证据链。
01 · Problem
先定义研究对象、尺度与可证伪的问题，再决定需要什么数据。
02 · Evidence
让每个工具选择、参数和质量阈值都服务于同一条论证主线。
03 · Interpretation
把结果、局限性和替代解释放在一起，避免把软件输出等同于事实。
文档边界
本站是课程学习与方法训练入口。课堂安排、汇报时长和具体组织方式如有调整，以任课教师的最新说明为准；涉及数据库、软件和外部资源时，请同时核对其官方文档与版本信息。