课程汇报 | Course Presentation

目标 | Objective

课程汇报是本课程唯一考核项。它要求学生围绕一个环境生物信息学问题、方法链条或课件相关案例，完成一次清楚、严谨、可答辩的学术汇报。汇报重点不在于展示运行了多少软件，而在于说明问题为何重要、数据和方法是否匹配、结果如何支持结论，以及哪些不确定性需要被保留。

选题方向 | Topic Directions

选题应与课程主线相关，可从以下方向切入：

• 以环境样品中的微生物暗物质、功能基因或生态过程为核心问题。

• 拆解一个宏基因组分析流程，包括 assembly、binning、MAG quality、abundance 或 functional annotation。

• 比较扩增子、短读段宏基因组和基因组级分析对同一问题的解释能力。

• 围绕 BLAST、数据库检索、功能注释或系统发育构建一个方法评估案例。

• 设计一个可复现的环境生物信息学分析方案，并讨论潜在风险和替代路径。

推荐结构 | Suggested Structure

Section	What to Cover
Research Question	明确生物学问题、环境背景和科学意义。
Data and Assumptions	说明数据类型、来源、质量控制需求和关键假设。
Methodological Design	展示分析流程，包括数据库、比对、组装、分箱、注释、统计或生态分析选择。
Evidence	用关键图表或结果说明方法如何支持结论。
Limitations	讨论数据库偏差、测序深度、组装错误、分箱污染、注释歧义或生态解释边界。
Take-home Message	用 1-2 句话总结最重要的发现或方法判断。

评分维度 | Rubric

Dimension	Weight	Standard
问题定义与生物学意义	20%	问题清楚、范围可控，并能说明其环境生物学价值。
方法选择与分析逻辑	30%	数据、工具、参数和流程选择有明确理由，能够连接课程方法。
可复现性与透明度	20%	说明数据来源、软件版本、关键命令/流程、输入输出和质量控制。
结果解释与局限性	20%	结论有证据支撑，同时诚实讨论替代解释和不确定性。
汇报表达与答辩	10%	图表清楚、叙事紧凑、时间控制合理，能够回答追问。

汇报材料 | Presentation Materials

建议准备：

• 8-12 分钟口头汇报幻灯片，具体时长以课堂说明为准。

• 一页方法流程图，突出数据如何流动、关键判断点在哪里。

• 必要的可复现信息，例如工具版本、数据库版本、参数、运行环境或仓库链接。

• 小组汇报需说明成员分工。

Quality Bar

优秀汇报通常具有三个特征：问题锋利，方法克制，解释诚实。它不试图覆盖所有工具，而是把少数关键证据讲透；不把软件输出直接等同于生物学结论，而是解释从数据到结论之间每一步的可信度。