非考核练习 | Non-Graded Practice#

Assessment Note

本课程考核只有课程汇报。本页列出的练习仅作为自学、课堂讨论或汇报准备材料,不单独计入成绩。

Why Practice Still Matters#

环境生物信息学的能力来自反复判断:数据库是否合适、比对是否可信、组装是否足够、分箱是否干净、注释是否过度解释。非考核练习的作用是帮助学生在课程汇报前熟悉这些判断,而不是制造额外提交压力。

Suggested Practice Tracks#

Track

Related Lectures

Practice Goal

Database and BLAST literacy

L2-L3

选择合适数据库,解释 top hits、coverage、identity、E-value 与潜在假阳性。

Metagenomic workflow sketch

L4-L6

画出从采样、测序、assembly 到 annotation 的流程,并标出关键风险点。

Binning and MAG quality

L7-L8

解释 coverage、composition、completeness、contamination 如何影响 MAG 可信度。

Abundance and function

L9

区分 genome abundance、gene abundance、functional potential 和 transcript evidence。

Ecology and amplicons

L10

用 alpha/beta diversity 或群落构建概念解释一个扩增子分析问题。

Use In The Final Presentation#

学生可以把练习结果转化为课程汇报的一部分,例如:

  • 一个更清楚的流程图。

  • 一个数据库选择或参数选择的理由。

  • 一个关于结果不确定性的讨论。

  • 一个用于答辩的备选解释。

Legacy Templates#

仓库中的 assignments/ 目录保留了若干旧模板和练习材料。它们可以作为学习资源使用,但当前课程考核不再设置独立作业、案例报告或项目设计分数。