# 课程汇报 | Course Presentation

## 目标 | Objective

课程汇报是本课程唯一考核项。它要求学生围绕一个环境生物信息学问题、方法链条或课件相关案例，完成一次清楚、严谨、可答辩的学术汇报。汇报重点不在于展示运行了多少软件，而在于说明问题为何重要、数据和方法是否匹配、结果如何支持结论，以及哪些不确定性需要被保留。

## 选题方向 | Topic Directions

选题应与课程主线相关，可从以下方向切入：

- 以环境样品中的微生物暗物质、功能基因或生态过程为核心问题。
- 拆解一个宏基因组分析流程，包括 assembly、binning、MAG quality、abundance 或 functional annotation。
- 比较扩增子、短读段宏基因组和基因组级分析对同一问题的解释能力。
- 围绕 BLAST、数据库检索、功能注释或系统发育构建一个方法评估案例。
- 设计一个可复现的环境生物信息学分析方案，并讨论潜在风险和替代路径。

## 推荐结构 | Suggested Structure

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* - Section
  - What to Cover
* - Research Question
  - 明确生物学问题、环境背景和科学意义。
* - Data and Assumptions
  - 说明数据类型、来源、质量控制需求和关键假设。
* - Methodological Design
  - 展示分析流程，包括数据库、比对、组装、分箱、注释、统计或生态分析选择。
* - Evidence
  - 用关键图表或结果说明方法如何支持结论。
* - Limitations
  - 讨论数据库偏差、测序深度、组装错误、分箱污染、注释歧义或生态解释边界。
* - Take-home Message
  - 用 1-2 句话总结最重要的发现或方法判断。
```

## 评分维度 | Rubric

| Dimension | Weight | Standard |
|---|---:|---|
| 问题定义与生物学意义 | 20% | 问题清楚、范围可控，并能说明其环境生物学价值。 |
| 方法选择与分析逻辑 | 30% | 数据、工具、参数和流程选择有明确理由，能够连接课程方法。 |
| 可复现性与透明度 | 20% | 说明数据来源、软件版本、关键命令/流程、输入输出和质量控制。 |
| 结果解释与局限性 | 20% | 结论有证据支撑，同时诚实讨论替代解释和不确定性。 |
| 汇报表达与答辩 | 10% | 图表清楚、叙事紧凑、时间控制合理，能够回答追问。 |

## 汇报材料 | Presentation Materials

建议准备：

- 8-12 分钟口头汇报幻灯片，具体时长以课堂说明为准。
- 一页方法流程图，突出数据如何流动、关键判断点在哪里。
- 必要的可复现信息，例如工具版本、数据库版本、参数、运行环境或仓库链接。
- 小组汇报需说明成员分工。

## Quality Bar

优秀汇报通常具有三个特征：问题锋利，方法克制，解释诚实。它不试图覆盖所有工具，而是把少数关键证据讲透；不把软件输出直接等同于生物学结论，而是解释从数据到结论之间每一步的可信度。